Természetvédelmi területekben igen gazdag ország: nyolc nemzeti parkja, tíz természeti parkja, két szigorúan védett rezervátuma, hetvennégy különlegesen védett rezervátuma, nyolcvan természeti emlékhelye, harminckét védett tájegysége, harminchat parkerdeje van.
- Brioni Nemzeti Park (Nacionalni Park Brijuni) vagy Brioni-szigetek: Területe 36 km², tenger veszi körül. Pulától nem messze fekvő, 2 nagyobb és 12 kisebb szigetből álló szigetcsoport. Ritka növény- és állatfajokban gazdag. A parkban van egy állatkert is, ahol más égövből származó állatok élnek. Értékes ókori, római-kori és bizánci műemlékek találhatók itt. A két világháború között az előkelők nyaralóhelye volt, ma is a világ államférfiainak kedvenc nyaralóhelye. Rendkívüli szépsége miatt jövőjét is az idegenforgalomra alapozzák.
- Kornati Nemzeti Park (Nacionalni Park Kornati) vagy Kornati-szigetek: A Földközi-tenger legtagoltabb szigetcsoportja. Területe kb. 220 négyzetkilométer, és 89 szigetet foglal magába. 100 m magasságot is elérő sziklacsúcsok, tagolt part, habarcs nélküli kőfalak, gazdag élővilág jellemzi. A vitorlázást kedvelőknek 2 kikötőt építettek (Žut és Piskera.)
- Krka Nemzeti Park (Nacionalni Park Krka) vagy Krka: Területe 111 km². Az ország legszebb karsztvidéki folyója. Hosszának kétharmad részében kanyonon keresztül folyik, majd a tenger felé érve vízesések és zuhatagok sokasága alkotja. A legszebbek egyikén, a Roski slap és a Skradinski buk között, a Visovac szigeten található egy ferences rendi kolostor igen értékes könyvtárral. A park területén fekszik a festői szépségű, antik városka, Skradin.
- Mljet-szigeti Nemzeti Park (Nacionalni Park Krka) vagy Mljet-sziget: Dubrovniktól délnyugatra fekvő kis sziget. Területe: 31 km². A nyugati részét a part különleges tagoltsága miatt nyilvánították nemzeti parkká. A szigeten lévő Kis- és Nagy-tavat egymással és a tengerrel is alig észrevehető szoros köti össze. Buja növényzet, erdők, gazdag állatvilág található a szigeten. Értékes kulturális öröksége egy XII. századi bencés kolostor a sziget Veliko Jezero nevű tavának kis szigetén (szállodává alakították).
- Paklenica Nemzeti Park (Nacionalni Park Paklenica): A legnagyobb horvát hegység a Velebit tenger felé eső, déli lankáinak része. Területe: 36 km². A 400 m-t is elérő szorosok a hihetetlenül erős eróziók eredményeként keletkeztek. Csak itt található meg a fekete fenyő. Sűrű erdők, ritka növényfajták, csak itt előforduló rovarok, hüllők, nagyszámú madárfaj (saskeselyű) él a park területén. Az Anicka kuk, a szoros 400 m magas sziklája a horvátországi hegymászók legkedveltebb úticélja.
- Plitvicei-tavak Nemzeti Park (Nacionalni Park Plitvička jezera): A UNESCO világörökség része, Karlovactól 75 km-re. A Mala Kapela és a Plješivica hegyvonulatainak találkozásánál több folyócska fut össze, melyek északról déli irányba robogva egységes tórendszert hoztak létre. A Nemzeti Park 16 nagyobb és 2 kisebb lépcsőzetesen elhelyezkedő tavát 92 vízesés köti össze. A tavak felszíne összesen 2 km². Területe eléri a 200 km²-t (20 000 ha), melyből több mint 15 000 ha erdős terület.
- Risnjak Nemzeti Park (Nacionalni Park Risnjak) vagy Risnjak hegymasszívum: A Gorski kotarban fekvő hegység (1528 m) Rijekától északra. Védettségének fő oka a növényvilág. Nevét a hiúzról kapta, mely még ma is él ezen a vidéken.
Észak-Velebit Nemzeti Park (Nacionalni Park Sjeverni Velebit) vagy Észak-Velebit hegyvonulat: A Velebit legértékesebb, leglátványosabb része
